Tras la independencia de Sudán, el sur del país fue afectado por dos guerras civiles, que provocaron gran destrucción, freno al desarrollo, así como una destrucción directa y expulsión de millones de personas. Se estima que en estas dos guerras civiles han muerto unos 2 500 000 de personas y unos 5 000 000 han sido desplazadas, convirtiéndose en refugiados.
En 1955, un año antes de que Sudán declarase su independencia, estalló la Primera Guerra Civil de Sudán, en la que los sudaneses del sur pretendían obtener mayor representación y autonomía regional. Durante diecisiete años, el gobierno sudanés luchó contra el ejército rebelde Anyanaya. En 1971 Joseph Lagu reunió a todas las facciones rebeldes bajo el mando de su Movimiento de Liberación de Sudán del Sur (MLSS). Por primera vez los rebeldes disponían de una estructura de mando unificada para conseguir la secesión y la formación del estado independiente de Sudán del Sur. También fue la primera organización que se estableció como portavoz y negociadora de todo el sur de Sudán. La mediación del Concilio Mundial de Iglesias (CMI) y la Conferencia de Iglesias de toda África (CITA), finalmente llevó a la firma de un acuerdo entre los sudaneses del norte y del sur en Adís Abeba en 1972, que estableció la Región Autónoma de Sudán del Sur entre ese año y 1983.
En 1983 el presidente de Sudán Gaafar Nimeiry declaró que todo Sudán se convertía en un estado islámico bajo el imperio de la Sharia, incluyendo a la mayoría no musulmana del territorio del sur. La Región Autónoma de Sudán del Sur fue disuelta el 5 de junio de 1983, rompiendo el acuerdo de Adís Abeba.8 En respuesta a este acto unilateral, se formó el Ejército de Liberación del Pueblo de Sudán, bajo el liderazgo de John Garang y estalló la Segunda Guerra Civil de Sudán. Esta guerra duró veintidós años (hasta el año 2005), y se convirtió en la guerra civil de más larga duración de África. En el año 2005 se alcanzó un acuerdo de paz que fue firmado en Nairobi mediante la mediación de la Autoridad Intergubernamental de Desarrollo (AIGD), así como un consorcio de países donantes. Este acuerdo duró hasta el año 2011, momento en que Sudán del Sur declaró la independencia.
En Kordofan del Sur, el 6 de junio de 2011 estalló un conflicto armado entre los ejércitos de Sudán del Norte y Sudán del Sur, antes de la declaración formal de independencia de Sudán del Sur el 9 de julio. El conflicto terminó con un acuerdo entre ambas partes para retirarse de Abyei. A finales de junio, varios interlocutores internacionales, incluyendo a las Naciones Unidas, propusieron desplegar a 4200 soldados etíopes en Abyei para mantener la paz entre ambas partes. En abril de 2012 la situación se agravó, entre otras razones por la toma del campo petrolífero de Heglig por parte de tropas afines a las pretensiones territoriales de Sudán del Sur.
Entre el 9 y el 15 de enero de 2011 el pueblo de Sudán del Sur votó entre permanecer como parte de Sudán y a favor de la independencia. El 30 de enero de 2011 un 98.83 % de la población había votado a favor de la independencia.